Windowsの右クリック新規作成でutf-8（BOMナシ）の新規テキストファイルを作る設定に挑戦します。
結論から言うと出来ませんでした…苦笑
以下のフォルダに
C:\Users\ユーザ名\AppData\Roaming\Microsoft\Windows\Templates
テンプレートになる新規テキストファイルをutf-8（BOMナシ）で保存します。
ファイル名は任意で良いですが仮にutf-8.txtとします。
regeditなどでレジストリエディターを起動し、
HKEY_CLASSES_ROOT\.txt\ShellNewを探します。
変更を加えるので、バックアップに保存をします。
右ペインにある「NullFile」を右クリック→削除します。
右ペインの空いている空間で右クリック→新規→「文字列値」とたどります。
新しく出来たエントリを「FileName」という名前に変更し、名前をダブルクリックして、「値のデータ」にファイル名「utf-8.txt」を指定します。
（フルパスを記述する必要はありません。）
原因
テンプレートファイルに全角文字が含まれていないため、
文字コードを認識できず、通常通りShift-JISで作成されてしまいます。
BOM付きや全角スペースなどをテンプレートに入れておけば可能かもしれませんが
BOM付きは当初のBOMナシではなくなってしまうため他の方法を見つけだら追記させていただきます。
参考：http://menushowdelay.blog.fc2.com/blog-entry-3168.html
http://tecopark.blogspot.com/2012/05/andoroidiphonewindows-cpphutf8.html
